Im August 2016 ging die Leitung von Heinz Ruh an Lorenz Odermatt über. Unter seiner Leitung wurde viel Konzept- und Reglementarbeit geleistet und der Neubau in Angriff genommen. 

Meilensteine waren sicherlich das Personal-, Arbeitszeit- und Lohnkonzept. Zudem wurden die Wohn-, Schul-, IBF-, AWG-, BWC- und Ausbildungskonzepte überarbeitet. Stellenbeschriebe wurden neue erstellt und alte den neuen Gegebenheiten angepasst.

Im pädagogischen Bereich wurde Altbewährtes weitergeführt und intensiviert. Interne Weiterbildungen wurden institutionalisiert und weiter ausgebaut. Die Traumapädagogik unter Berücksichtigung der Bindungstheorie erhielt mit der Neuen Autorität ein gutes Umsetzungsinstrument. Des Weiteren wurden die Sozialpädagogik in der Primarschule eingeführt und das soziale Lernen in der Oberstufe. Aus einer Wohngruppe ist die Tagesgruppe Lebenswelt entstanden. Hier werden alle neuen Schüler im Primarschulalter aufgenommen und es wird mit ihnen intensiv an überfachlichen Kompetenzen gearbeitet, bevor sie nach einem halben bis einem Jahr motiviert in die Klassen können.

Im März 2017 haben die ersten Vorbereitungsarbeiten zum Neubau begonnen. Die Finanzen wurden bereinigt, ein Raumkonzept erstellt, Abklärungen und Expertisen in die Wege geleitet und schlussendlich dem Kanton das Vorprojekt eingereicht. In einem weiteren Schritt wurde das Projekt mittels Wettbewerb ausgeschrieben und unter erschwerten Bedingungen (Corona) durchgeführt. Nachdem der Sieger erkoren war, ging es in der nächsten Etappe darum, das Projekt dem Kanton einzureichen, um die nötigen Finanzen zu erhalten. 2023 waren alle nötigen Verfahren durchgeführt und die Finanzen gesprochen. 2024 geht es nun endlich los mit der Bautätigkeit.

Im April 2007 übernahm Heinz Ruh die Gesamtleitung. Er leitete ein neues Denken über Führungsverhalten und Entscheidungsprozessen in der Glarisegg ein. Strukturell markant war die expli­zite Schaffung einer Gesamtleitung, einer Wohnbereichsleitung und einer Schulleitung. Für das pädago­gische Handeln wurde in Zusammenarbeit mit der Schulberatung ein Instrument geschaffen, das den handelnden Heil -und SozialpädagogInnen eine klare Orientierung gibt, wo selbständig, wo in Teamzu­sammenarbeit und wo unter Einbezug der Leitung entschieden und gehandelt werden muss. Im Weiteren wurde eine Fachstelle für intensi­vierte sozialpädagogische Betreuung eingerichtet. Diese betreut Schüler mit besonderem Bedarf vor­nehmlich nach separativem Ansatz, konzeptionell soll aber auch der integrative Ansatz zum Tragen kommen. Zentrales Anliegen von Heinz Ruh war und ist es, den Kinder und Jugendlichen auch im institutionellen und professionalisierten Rahmen verlässliche Bindung zu bieten und sie Selbstwirksamkeit erfahren zu lassen. Das bedeutet unter anderen, nicht mit Bestrafung zu reagieren, wenn ein Kind unerwünschtes Verhalten zeigt. Sondern es zu befähigen, mit seinen Ressourcen neue Strategien zu entwickeln, welche zu einem sozialverträglichen Verhalten führen. Heute liegt der Fokus der Schulstiftung auf der Traumapädagogik und der Bindungstheorie. Die Änderungen bewirken, dass die Schulstiftung in der Lage ist, bei nahezu dauernder Voll­belegung, Schülern im breiten Spektrum an Verhaltensauffälligkeiten ein tragfähiges, nachhaltiges Ange­bot bereitstellen zu können.

In der Glarisegg wurde 2007 mit dem Bezug des neuen Wohngebäudes "Lönneberga" ein grosses Bauvorhaben abgeschlossen, das neuen pädagogischen Ideen Raum sichern sollte. Im Kanton wurden die gesetzlichen Grundlagen für die Sonderschulung überarbeitet und die Invalidenversicherung entschied sich, den Rückzug aus der Sonderschulfinanzierung einzuleiten.

1998 wurde das Werkstattgebäude, welches durch das Bodenseehochwasser massive Wasserschäden hatte, vollständig neu gebaut. Es bietet jetzt optimale Bedingungen für Metall- und Holzarbeiten sowie für Textiles Werken.

Es wurde der Eingang des Haupthauses neu gestaltet. Bei dieser Sanierung ging es darum, den Eingang ins Haupthaus zu gestalten, einen ersten Eindruck von der Glarisegg zu vermitteln, um jeden Besucher mit Atmosphäre zu empfangen. Mit einfachen und kostengünstigen Mitteln ist dies sehr gut gelungen.

1996 wurde auf dem Areal der Glarisegg das neue Mehrzweckgebäude mit einem überdeckten Pausenplatz erstellt.

Im Jahre 1995 wurde im Städtli Steckborn die Aussenwohngruppe ,,Blauer Hahn" eröffnet, "welche den Jugendlichen helfen soll, sich auf ein selbständiges Leben ausserhalb der doch relativ abgeschlossenen Glarisegg vorzubereiten." Das positive Schul- und Heimklima in der Schulstiftung Glarisegg und die ungetrübte Zusammenarbeit zwischen Stiftungsrat und Heimleitung setzten neue Kräfte frei, die sich nicht nur im pädagogischen Alltag erkennen liessen. Der Stiftungsrat erarbeitete eine langfristige Bauplanung und begann jetzt mit der baulichen Sanierung der Schul- und Internatsgebäude.

Ein darauf gänzlich erneuerter Stiftungsrat hat am 13. März 1991 die Arbeit wieder aufgenommen. Ab dann konnte es wieder aufwärts gehen: Der Einweisungsstopp des Kantons wurde aufgehoben und ein neues Heimleiter-Ehepaar die Arbeit in geordneten Verhältnissen beginnen. Der Stiftungssitz wurde vom Kanton Graubünden in den Thurgau, nach Steckborn verlegt. Auch in der Öffentlichkeit kehrte das gute Image der Glarisegg bald wieder zurück. Rasch wurden auch von allen einweisenden Stellen wieder Sonderschüler in die Glarisegg platziert, so dass die "Schule am See" bald wieder voll belegt war. Das initiative Leitungsehepaar entwickelte zusammen mit dem Team neue Leitideen für eine kompetente heilpädagogische Schulung und sozialpädagogische Förderung von Sonderschülern mit besonderen Verhaltensschwierigkeiten. 

Am 30. Juli 1971 wurde die "Schulstiftung Glarisegg" mit Sitz in Chur gegründet. Im Sinne der Stiftungsurkunde lag der weit gefasste Zweck der Stiftung darin, "Jugendliche, die eine besonderen Führung benötigen, aufzunehmen, zu schulen und zu betreuen, ihre Eingliederung zu fordern und ihnen die Absolvierung einer Berufslehre zu ermöglichen." Durch persönliche Beziehungen konnten die Gründer den benötigten Hypothekarkredit von der Bündner Kantonalbank erhalten. Das hatte zur Folge, dass die Stiftung mit Sitz in Chur gegründet wurde. Ebenfalls positiv zum Kauf beigetragen hat die grosszügige Haltung der Familie Züblin, den Kaufbetrag über einen längeren Zeitraum einzufordern, so konnte die Schulstiftung das benötigte Geld mit dem Betrieb "zuerst verdienen". In direkten Verhandlungen mit der Invalidenversicherung konnte sie erreichen, dass die Invalidenversicherung auch ohne Zustimmung des Standortkantons der Glarisegg eine Zulassung als IV-Sonderschule für Kinder mit einem POS zusprach. Begründet wurde das damit, dass schweizweit ein Mangel an Sonderschulplätzen für Kinder mit einem psychoorganischen Problem bestünde, den die IV abzudecken habe. Die Glarisegger-Liegenschaft wiederum eigne sich ausgezeichnet zur Förderung von Kindern mit einem POS, weil die isolierte Lage die benötigte Ruhe für Förderung von Jugendlichen mit einem POS garantiere. Bald schon hatte aber auch der Kanton Thurgau für Kinder mit Verhaltensproblemen zu wenig Sonderschulplätze und man war froh, einige dieser Schülerinnen und Schüler in die Schulstiftung Glarisegg platzieren zu können.

Mit gemischten Gefühlen hatte man um 1970 in Steckborn und auch in der weiteren Umgebung zur Kenntnis genommen, dass das Hotel Glarisegg einer neuen Nutzung zugeführt werden solle. Dazu besprach sich am 1. Juli 1971 Peter Züblin, Sohn der Liegenschaftsbesitzerin, Margot Züblin, mit Dr. Duri Vital, Chur, in Bezug auf die Zukunft der Glarisegg. Er wollte die seiner Mutter gehörenden Liegenschaft einem gemeinnützigen Werk zuführen, um sie der Spekulation und Überbauung zu entziehen.

Ein Auszug aus dem Brandkataster vom 15. Dezember 1930 des Staatsarchives Thurgau in Frauenfeld belegt, dass Marie Righini die Glarisegg-Liegenschaft, bestehend aus der als Gasthaus geführten alten Taverne, der Dépendance, Scheune, Remise, Kegelbahn, einem Badehaus und einigen Äckern an Margot Züblin verkauft hat. Die Familie Züblin verwandelte im Laufe der Zeit das Gasthaus in ein gut gehendes Hotel mit Kuranstalt und Restaurant.